El río Cuyaguateje tiene una de las más curiosas trayectorias de toda la hidrografía de Cuba. Sus aguas nacen en las lomas pizarrosas cercanas al cerro de Cabras, al sur de la Sierra de los Órganos, en Pinar del Río, fluyen hacia el norte y después van hacia el sureste para atravesar, subterráneamente, la Sierra del Sumidero a través de dos grandes cavernas en el lugar conocido por Hoyo Potrerito, continuando por el oeste.

Al desviarse hacia el suroeste, sus aguas bañan las vegas tabacaleras de Guane, y luego desembocan por el sureste en la Ensenada de Cortés, costa sur pinareña. Su longitud es de 99 kilómetros y su cuenca es de 737 km2.
Su curso sinuoso, comparado con el movimiento de la lanzadera de un telar, dio origen al nombre del río: cuya-agua-teje.

La corriente del Cuyaguateje es del tipo alóctona (extranjera), ya que nace en un tipo de roca y paisaje y en su recorrido pasa a rocas y paisajes distintos, o sea, va de una zona de pizarras a una caliza.