Los habitantes originales de Baracoa fueron los Taínos. Ellos fueron erradicadas por los españoles en toda Cuba, salvo aquí y este es el único lugar donde los descendientes aún viven. Un héroe local Hatuey, que huyó de los españoles en La Española y levantó un ejército para luchar contra los Taínos de los españoles en Cuba e srecordado en la region.

Según la historia Hatuey fue traicionado por un miembro de su grupo y condenado a la hoguera. Se dice que justo antes de que murió un sacerdote católico, trató de convertir a él para que alcanzaría la salvación; Hatuey preguntó el sacerdote, si el cielo era el lugar donde van los españoles muertos. Cuando recibió una respuesta afirmativa, le dijo al sacerdote que prefiere ir al infierno.

El 27 de octubre de 1492, Cristobal Colon  desembarcó en Cuba en un lugar que llamó Porto Santo.  En general se supone de su descripción que se trataba de Baracoa, aunque también se afirma que se Gibara. Alrededor de 15 de agosto 1511 (el día de la fundación oficial) Diego Velázquez de Cuéllar fue designado el primer gobernador de Cuba y construyó una casa aquí y el lugar llamado “Nuestra Señora de la Asunción de Baracoa, Baracoa, con lo que la primera capital de Cuba.

 En 1518 recibió el título de ciudad y el obispo de Cuba se nombró aquí. As a result several remains of the Spanish occupation can still be seen here, such as the fortifications El Castillo, Matachín and La Punta and the cemetery. Como resultado de varios restos de la ocupación española todavía puede ser visto aquí, como las fortificaciones de El Castillo, Matachín y La Punta y el cementerio.  

Desde mediados del siglo 19 muchas expediciones de luchadores por la independencia aterrizó aquí (incluida la de Antonio Maceo y José Martí), que mucho ayudó a la independencia de España en 1902.  Antes de la Revolución Cubana, el único acceso era por mar, pero en la década de 1960 a 120 km de largo camino de Guantánamo llamado La Farola fue construida a través de las montañas, que fue uno de los escaparates de la revolución.

La ubicación remota en el extremo oriental de la isla de Cuba ha mantenido la influencia del turismo de masa muy baja, a pesar de la ubicación idílica. Baracoa se puede llegar en bus desde Santiago de Cuba (4 horas) o en avión desde La Habana (2 horas).