En el lado sur del territorio, en la provincia de Matanzas, se ubica la Ciénaga de Zapata, la Reserva de la Biosfera, que es especialmente atractivo para aquellos que prefieren disfrutar de las múltiples especialidades del turismo de naturaleza, aunque aquí hay muchos espacios de interés para los que no ir mar abierto o speleodiving buceo en cuevas sumergidas.

Una estrategia diseñada para la preservación y el cuidado de su entorno durante casi cuatro décadas, junto con la escasa presencia de asentamientos de población han permitido que este ecosistema para quedarse casi sin tocar. También se considera la mayor reserva de suelo húmedo en el Caribe, con lugares destacados como las Salinas de Brito (ecosistema de marismas costeras), La Boca (la mayor granja de cocodrilos en América Latina) y los refugios de la fauna internacional de La Salina y Santo Tomás, que se clasificó como la zona más endémica en el planeta.

La Laguna del Tesoro, con ocho kilómetros cuadrados de superficie y cinco de profundidad, es probablemente el más conocido lugar en el parque.Paseos en barco son apropiados para la pesca y viajar hasta el centro turístico Guamá, el hábitat de dos especies amenazadas de vertebrados acuáticos: Manatee y manjuarí.

Los valores de esta zona son también reforzada por una piscina natural, un jardín donde se podrá observar la transición entre un semi-forestal y un bosque pantanoso, así como el Museo de Bahía de Cochinos, que recoge los detalles de la defensa contra la invasión armada llevada a cabo en Cuba por las tropas mercenarias en abril de 1961 y derrotada en menos de 72 horas.